Tanggal 18 Februari 2015 sebuah peristiwa bersejarah berlangsung di MAN 2 Surakarta yaitu peresmian Museum Pendidikan Islam Mambaul Ulum, yang dapat dikatakan sebagai museum pendidikan Islam pertama di Indonesia. MAN 2 Surakarta adalah perkembangan lanjut dari Madrasah Mambaul Ulum yang dibangun oleh Pakubuwono X pada tahun 1905. Pusat Studi Jepang diundang secara khusus dalam acara tersebut, dan Kepala PSJ dan Sekretaris PSJ berkesempatan menghadirinya.

Kerjasama antara peneliti Pusat Studi Jepang dan MAN 2 Surakarta sudah dimulai sejak tahun 2013. Sebenarnya perkenalan dengan MAN 2 Surakarta sudah diawali oleh  salah satu peneliti PSJ, Murni Ramli, Ed.D ketika menempuh kuliah S3 di Nagoya University. Pada tahun 2011, bersama dengan peneliti dari Nagoya University, Prof Nishino Setsuo dan Prof Hattori Mina, diundang oleh pihak MAN 2. Undangan tersebut dilayangkan karena pihak MAN 2 ingin mengetahui lebih detil riset tentang Mambaul Ulum yang telah dilaksanakan oleh peneliti Nagoya University.

Dalam pertemuan tersebut, diputuskan untuk bekerjasama menyusun Buku Sejarah Sekolah Mambaul Ulum, dan yang kedua tercetus ide membuat Museum Pendidikan Islam. Ide tersebut ternyata disambut dengan sangat antusias oleh pihak MAN 2 Surakarta, hingga akhirnya penelitian dan pengumpulan data-data terkait segera dilaksanakan oleh Tim Peneliti Gabungan, dan dalam rangka pendirian museum pendidikan Islam, pihak Nagoya University dan Pusat Studi Jepang UNS memfasilitasi konsultasi prototype museum dengan mengirimkan contoh museum pendidikan di Jepang.

Museum Pendidikan Islam Mambaul Ulum menyediakan koleksi dokumen bersejarah yang dipergunakan pada masa awal persekolahan di Mambaul Ulum, kitab-kitab belajar santri, ijazah, dan buku catatan santri. Diharapkan manuskrip bersejarah tersebut dapat menjadi sumber inspirasi dalam menggali nilai-nilai baik yang dikembangkan dalam sistem pendidikan Islam yang diterapkan di Mambaul Ulum.

Museum ini juga diharapkan dapat menjadi jalan pembuka riset-riset sejarah pendidikan di Kota Surakarta, baik pendidikan yang dikembangkan oleh Kraton Surakarta, yayasan agama, maupun pihak swasta lainnya. Pusat Studi Jepang akan mengambil peran dalam riset-riset ke depan untuk mengungkap lebih jauh kekhasan pendidikan di Kota Surakarta.